Según el último informe de auditoría nacional, a Cortolima, esta no desempeño una buena gestión en la prescripción de cobros coactivos de sanciones por cerca de 1.100 millones de pesos, sin contar que no se habría realizado el cobro de más de 1.300 millones de pesos de la tasa por uso de agua.Según este documento en la vigencia 2017, Cortolima aparece dentro de las 10 corporaciones que más deficiencias presentaron en el año anterior con el manejo y cobro de estos recursos, indicándose que se realizaron hallazgos administrativos por aproximados 2.800 millones de pesos, indicando que por estas fallas en el sistema de notificaciones, se prescribió un proceso en contra de una persona que adelantaba actividades mineras de forma ilegal en esta localidad.
Ante esto el director de Cortolima Jorge Enrique Cardoso, mediante comunicado de prensa, afirmó que acata y respeta los pronunciamientos de los organismos de control, sin dejar de mostrar su inconformismo por haber sido calificada entre las 10 entidades más deficientes en resultados de protección ambiental en todo el país.
Según Cortolima, la imposibilidad de poder cobrar la Tasa por Uso de Agua, se debe a que un distrito de riego no ha querido formalizar la concesión ante la autoridad ambiental, respecto al proceso por minería ilegal en Ataco, informó la entidad que el infractor no adelantó los pagos de las correspondientes multas ante la Corporación Autónoma Regional del Tolima.
En el informe de auditoría se muestra que las 10 Cars calificadas como deficientes, en el primer semestre del año 2018 registraron hallazgos fiscales por más de 100 mil millones de pesos, 72 mil millones de pesos de estos recursos son de la CAR Cundinamarca, siendo esta la que mayor concentración de contratos registra en su gestión.
Según este informe las corporaciones que están en cuestionable ejecuciones de sus procesos son la Corporación Autónoma del Valle del Cauca-CVC-, por invertir billonarios recursos que eran para adelantar la ejecución de los proyectos ambientales y tratamiento del Río Cauca, se suman además Cortolima, Corpocesar, la CRC y la CARDER.
Estas corporaciones cerca del 70% del presupuesto total que tienen en conjunto las 33 CAR, es decir cerca de 4 billones de pesos en el 2017.